Het afgraven van de venen, de ontginning van de ter beschikking komende gronden, de groeiende scheepsbouw, de zee- en binnenscheepvaart (afvoer van turf) bieden aan veel mensen werk. Overal komen dan ook mensen om zich in Oude en Nieuwe Pekela te vestigen. Met de Duitsers komt ook het Lutheranisme in Pekela. De mensen sluiten zich aan bij de lutherse gemeente in Winschoterzijl waar in 1695 een kerk was gebouwd.

In die tijd moest men veelal lopend naar de kerk. Een andere optie was met de trekschuit. Deze tocht duurde echter niet veel korter. In de wintermaanden was de reis bijna onmogelijk. De weg was door de neerslag onbruikbaar geworden en er was geregeld sprake van overstroming. De lutheranen in Pekela wilden om deze reden een eigen gemeente stichten. Aangezien men zelf geen geld had en ook het Amsterdams Consistorie geen geld wil geven,  ging men collectereizen uitvoeren naar Duitse geloofsgenoten. Met het geld dat hier werd opgehaald kon men de grond kopen waar de kerk later is gebouwd. Op 28 november 1762 wordt het kerkgebouw ingewijd. Tegelijk met de inwijding van het gebouw wordt ook de eerste Predikant ingewijd. Het duurt echter nog jaren voordat het Amsterdams Consistorie het verzoek van Pekela om een nominatie toe te staan. Pas op 3 maart 1790 wordt Pekela als erkende gemeente in de kring der lutherse gemeenten van Nederland opgenomen.

De gemeente beschikte over een groot aantal percelen die voornamelijk werden gebruikt als bouwland. Hierop waren de lutheranen op zaterdagmiddag bezig met het bewerken van hun lapje grond. Naast het bouwland was er ook een perceel met heide en een tuin, oftewel luthers hof. In de zomers werden hier wel eens zangconcoursen gehouden.

In 1805 werd het Duitse gezangboek vervangen door het Nederlandse. Ook werd in dit jaar waarschijnlijk een orgel aangeschaft, aangezien er in november een gift hiervoor is ontvangen van het Fonds.

Het modernisme komt in 1857 in de lutherse gemeente Pekela. Dominee Jacob Adriaan Engel predikt vrijzinnig en een aantal families verlaten de gemeente. In deze periode die tot 1894 zou duren dalen ook de inkomsten sterk. Er moeten verschillende kerkelijke goederen, huizen en landerijen langzaamaan stuk voor stuk worden verkocht.

In 1865 gebeurt een grote ramp. Op 22 april is door onbekende oorzaak het kerkgebouw in brand gevlogen. De gemeente probeert echter zo snel mogelijk het geld bijeen te brengen om de verbrande resten af te breken en een nieuwe kerk op te bouwen. Tijdens de werkzaamheden maakt de gemeente dankbaar gebruik van de Doopsgezinde Gemeente.

Op 17 december 1865 werd de herbouwde kerk ingewijd. De kerk stond nu verder van de weg af dan het eerste gebouw en nu met de ingang naar de weg en het Pekelder Hoofddiep. Het eerste kerkgebouw stond met de kop naar de wijk, die uitkomt op het diep.

In de nieuwe kerk zit nog geen orgel. Deze wordt op 9 augustus 1868 in gebruik genomen. Het orgel is betaald van geld dat de Kerkenraad heeft opgenomen van de weduwe H. Scholtens.

In 1890 wordt besloten een nieuwe pastorie te bouwen, aangezien de oude onbewoonbaar is geworden. De pastorie die eerst direct voor het kerkgebouw stond werd er nu naast gebouwd.

Na de komst van Ds Jakob Bögeholtz komt er een tijd van wederopbouw en bloei. Het zondagsschoolwerk begint net als de vele andere verenigingen.

In 1898 krijgt de kerktoren een klok. Deze is gegoten door H.R. van Bergen in Heiligerlee en weegt 77 kilo. In 1899 wordt de begraafplaats aangelegd.

Zondag 21 april 1912 zakt Ds Bögeholtz in elkaar op de kansel en sterft enkele dagen later. De gemeente is in diepe rouw gedompeld.

In 1913 wordt er een Broederschap van Kerkenraden opgericht door de gemeenten Pekela, Stadskanaal en Wildervank-Veendam. Het doel is de onderlinge hulp van gemeenten in geval van vacature en de uitgave van het maandblad ‘De Kerkklok’. Later heeft ook Winschoten zich bij het Broederschap aangesloten.

De gemeente wilde graag een gebouw waar men ‘verenigingsarbeid’ kan verrichten. Door de koop van een loods van cartonfabriek Wilhelmina in 1924 komt het gebouw er. Over de Wartburg zegt Ds. P. van Genderen Stort:

“Gelijk Luther zijn toevlucht moest nemen in ‘de Wartburg’ om bescherming te vinden tegen de wereld, zoo moet ook deze Wartburg een schuilplaats zijn, ook moet het zijn een plaats des gebeds en van geloof en een oefenplaats des geestelijken levens. De jongeren moeten nu niet gaan denken dat het een kerk moet wezen. Luther deed op de Wartburg ook aan jacht en feestmaaltijden.”

De kerk wordt in 1926 gerestaureerd en verfraaid. Er wordt een houten plafond aangebracht, de muren worden hersteld en in plaats van de preekstoel wordt een podium geplaatst.